ABSTRAK
Kanker, yang sering kali disebabkan oleh mutasi genetik seperti aktivasi KRas , merupakan penyebab kematian global terkemuka. Studi ini mengidentifikasi inhibitor potensial PDE6δ, chaperone utama yang diperlukan untuk lokalisasi membran KRas , dari senyawa yang berasal dari jamur laut. Melalui docking molekuler, simulasi dinamika molekuler (MD), kalkulasi energi bebas MMGBSA, dan analisis bentang energi bebas (FEL), tiga senyawa yang menjanjikan diidentifikasi: CMNPD29003, CMNPD9449, dan CMNPD30443. Di antara senyawa-senyawa ini, CMNPD29003 menunjukkan stabilitas tertinggi, dengan nilai RMSD stabil antara 1 dan 2 Å selama simulasi MD 500-ns, yang mencerminkan pengikatan yang kuat dan konsisten. CMNPD9449 menunjukkan stabilitas sedang (RMSD 1–3 Å dengan sedikit peningkatan fase akhir), sedangkan CMNPD30443 menunjukkan pengikatan yang lebih lemah, dengan fluktuasi yang signifikan (RMSD 2–6 Å). Meskipun ikatannya stabil (RMSD 1,5–2 Å), senyawa kontrol melanggar aturan berat molekul Lipinski dan memiliki kelarutan yang buruk. Perhitungan MMGBSA mengungkapkan CMNPD29003 sebagai kandidat yang paling menjanjikan, dengan energi bebas ikatan sebesar -106,35 ± 22,59 kkal/mol, didukung oleh kontribusi van der Waals dan solvasi nonpolar yang kuat. CMNPD9449 menunjukkan energi ikatan sebesar -91,78 ± 11,03 kkal/mol, yang diuntungkan oleh interaksi elektrostatik yang menguntungkan. Analisis FEL mengonfirmasi status energi rendah yang konsisten dari CMNPD29003. Temuan ini menunjukkan CMNPD29003 dan CMNPD9449 sebagai inhibitor PDE6δ yang menjanjikan, yang menjamin validasi eksperimental lebih lanjut untuk terapi kanker yang digerakkan oleh KRas .

Abstrak Grafis