Abstrak
Karena ukurannya yang kecil, stabilitasnya, dan efektivitas biayanya dibandingkan dengan antibodi, aptamer yang dikembangkan oleh Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment (SELEX) merupakan kandidat yang menjanjikan untuk mendeteksi molekul kecil. Dalam SELEX, molekul target kecil biasanya diimobilisasi secara kovalen pada suatu permukaan untuk memisahkan urutan asam nukleat yang terikat dari yang tidak terikat. Akan tetapi, imobilisasi ini mengubah molekul tersebut, yaitu entitas kimia tambahan ditambahkan dan distribusi elektron diubah, sehingga mengorbankan sifat pengayaan. Untuk mengatasi masalah ini, metode penangkapan SELEX telah berhasil dikembangkan di mana pustaka RNA atau DNA diikat ke suatu permukaan melalui oligodeoksinukleotida komplementer dan ligan yang larut digunakan untuk menangkap asam nukleat yang mengikatnya dari permukaan tersebut. Di sini, kami menjelaskan pengembangan versi otomatis dari metode penangkapan SELEX untuk mengidentifikasi aptamer RNA yang mengikat molekul kecil. Metode ini sepenuhnya otomatis dan melakukan hingga 12 siklus seleksi berulang tanpa gangguan manual dalam 72 jam. Oleh karena itu pendekatan ini cocok sebagai rute cepat menuju aptamer dan memungkinkan pemilihan pengujian yang hemat sumber daya untuk menilai ‘aptamerogenisitas’ suatu target.